Vo veľkej mise zmiešajte Masa Harinu a soľ. Postupne prilievajte teplú vodu a rukami vypracujte mäkké, poddajné cesto. Pokiaľ je príliš suché a praská, pridajte lyžicu vody. Ak je príliš lepkavé, pridajte trochu múky.
Cesto by malo byť veľmi mäkké, aby sa dalo ľahko tvarovať. Prikryte vlhkou utierkou a nechajte stáť 10 minút.
Ruky si potrite trochou oleja alebo navlhčite vodou. Z masy oddeľte guličku veľkosti golfovej loptičky.
Guličku sploštite do disku a palcom vytvorte hlbokú jamku, ako malú misku.
Do jamky vložte 1-2 lyžice náplne (napr. zmes syra, fazule a chicharrónu).
Mäso opatrne uzavrite pritlačením okrajov múky cez náplň, čím vytvoríte opäť guličku. Odstráňte prebytočnú masu hore.
Pupusu opäť sploštite na disk s hrúbkou asi 1 cm, pričom dávajte pozor, aby náplň nepraskla von.
Rozpáľte liatinovú panvicu (comal) na stredne silnom ohni (bez oleja alebo s minimom oleja).
Pupusas pečte 4-5 minút z každej strany. Keď sú hotové, mali by byť zlatohnedé a mierne nafúknuté s roztaveným syrom, ktorý môže miestami vytiecť a vytvoriť chrumkavé okraje.
Pupusas podávajte ihneď, horúce, s veľkým množstvom studeného Curtida (kapustový šalát) a poliate Salsou Roja (paradajková omáčka).